雖經積極治療，部分患者在發病6個月後仍留有神經、精神症狀，稱為後遺症。發生率約5～20%.以失語、癱瘓及精神失常最為多見。如繼續積極治療，仍可望有一定程度的恢復。
根據病情輕重，乙腦可分為4型：
1.輕型：患者神志始終清晰，有不同程度嗜睡，一般無抽搐，腦膜刺激不明顯。體温通常在38～39℃之間，多在一週內恢復，無恢復期症狀。
2.中型：有意識障礙如昏睡或淺昏迷。腹壁反射和提睾反射消失。偶有抽搐。體温常在40℃左右，病程約為10天，多無恢復期症狀。
3.重型：神志昏迷，體温在40℃以上，有反射或持續性抽搐。深反射先消失後亢進，淺反射消失，病理反射強陽性，常有定位病變。可出現呼吸衰竭。病程多在2周以上，恢復期常有不同程度的精神異常及癱瘓表現，部分病人可有後遺症。
4.暴發型：少見。起病急驟，有高熱或超高熱，1～2天后迅速出現深昏迷並有反覆強烈抽搐。如不積極搶救，可在短期內因中樞性呼吸衰竭而死亡。倖存者也常有嚴重後遺症。
乙腦臨牀症狀以輕型和普通型居多，約佔總病例數的三分之二。流行初期重型多見，流行後期輕型多見。
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