在一些導入阿米巴經營模式的企業，每位員工如果超出預定目標的工作量會得到額外獎勵。調動阿米巴員工的積極性，激勵員工主動、積極地工作。
阿米巴經營就是以阿米巴領導人為核心，讓其自行制定各自的計劃，並依靠全體成員的智慧和努力來完成經營目標。通過這樣一種做法，讓第一線的每一位員工都能成為主角，主動參與經營，進而實現“人人成為經營者”。
阿米巴團隊的激勵機制，體現在如下特點：
1. 實現全員參與的經營，人人成為經營者
阿米巴組織要激勵每一個員工都能在各自的工作崗位上，為自己所屬的阿米巴組織做出貢獻，為了阿米巴的發展而齊心協力地參與經營，並且在工作中感受人生的意義和成功的喜悦，實現“全員參與的經營”，人人成為經營者。
2. 通過單位時間核算，讓員工們樂於互相競爭
在阿米巴經營模式中，雖然單位時間核算並不能直接與金錢掛鈎，但阿米巴員工們卻樂於互相競爭，為了實現阿米巴經營目標，不怕被考核，反而在完成經營目標的過程中感受到無窮樂趣無窮，在這樣的情況下，這樣的員工，已經完全成為工作的主人了。
由於阿米巴領導人擁有人事組織權限、財務權限、業務權限等，阿米巴領導人為了完成經營目標，常常需要自主、迅速的做出判斷。在這樣的.模式下，阿米巴領導人都有企業家的氣質。
3. 超越家庭的大家庭主義
阿米巴經營模式要求有“大家庭主義”，在阿米巴組織這樣的大家庭裏，每個員工都是家庭成員，尊重員工就是尊重自己。
阿米巴經營的單位時間核算制度，同樣是以家庭記賬模式進行的，簡單到讓人覺得就是在家裏記賬一樣，讓員工產生親近感。每個阿米巴，都像一個家庭，而企業就像一個更大的家庭。在這樣的家庭背景下，每個員工都有為了“大家庭”的繁榮富強而努力的動力和責任感。每個員工都產生“經營者”的心態，而不會有“打工心態”。
4. 調動阿米巴員工的積極性，激勵員工主動、積極地工作
在一些導入阿米巴經營模式的企業，每位員工如果超出預定目標的工作量會得到額外獎勵。調動阿米巴員工的積極性，激勵員工主動、積極地工作。這樣，團隊成員對阿米巴管理模式的態度、工作面貌和關注重心都發生了明顯的變化。
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