效的內部控制體系是電算化系統正常執行的保證。由於電算化系統具有高密度儲存、方便使用、自動高速執行的特點，這就更加便於單位根據自身特點所設定的內控制度更好地發揮作用。
一、實施會計電算化後需要重新考慮的內部控制因素?
1、可能存在的會計資料準確性問題
在會計電算化系統下，會計資料僅需要會計操作人員一次性輸入到計算機中，電算化系統就會自動完成總賬、明細賬、日記賬等的登記工作。但這些工作的資料全部來源於第一次的手工錄入，因此，原來手工記賬下行之有效的賬證、賬賬核對工作已經失去了作用，即一旦原始錄入資料出現錯誤將很難被發現，並且會直接導致一系列會計資料的失真。
2、電算化後會計資料的保密工作需要加強?
會計資料屬於單位的最高機密，一旦被非法竊取或篡改，將有可能使單位蒙受這樣那樣的損失。在原來的手工賬下，會計憑證、會計賬表分置儲存，非法修改的'情況會變得非常困難，而且會留有痕跡，況且一般情況下很難得到單位的全部會計資料。而在電算化系統下，所有的會計資訊都儲存在服務器和磁碟中，複製、檢索、修改等操作可在瞬間完成，而且不會留下任何痕跡，這就增加了會計資料被洩密的可能性。?
3、電算化系統的安全性需要加強?
在電算化環境下，會計資料多存放於電腦磁碟中，會計核算全部依賴於計算機，一旦機器發生故障或發生突然性的斷電以及感染病毒等情況，都會危及會計資料的安全;此外，存放會計資料的磁碟如發生意外損壞也會造成資料的丟失。因此，要求執行電算化軟體的計算機系統必須始終保持正常運轉。?
二、針對上述新增內控因素，需要單位加強內控建設的方面
1、要做好基礎管理工作，尤其是加強對會計基礎工作的控制
做好會計基礎工作控制主要是在單位內部建立起一套全面、規範的管理制度和方法，以及完整的規範化資料格式。
電算化會計資訊處理系統無法處理無規律、不規範的會計資料，因此，會計制度是否健全，核算規程是否規範，基礎資料是否準確、完整，是做好工作的重要保證。
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